①选择合适的出发质粒

出发质粒也叫亲本质粒，它应含有质粒克隆载体bi备的元件，如复制起始位点、选择标记基因、克隆位点、启动子和终止子等。

②正确获得构建质粒克隆载体的元件

一般采用限制性核酸内切酶切割出质粒DNA分子，获得含有某种元件的DNA片段，还可以采用PCR技术从靶DNA中扩增出含某种元件的特异性DNA片段。

③组装合适的选择标记基因

构建的质粒克隆载体应该组装什么样的选择标记基因，必须根据要转化的受体细胞的特性来决定。

④选择合适的启动子

为了构建表达质粒的克隆载体，必须组装合适的启动子，当设计真核生物的基因须在原核生物中表达式，常改用原核生物或病毒(噬菌体)基因的启动子，而原核生物基因在真核细胞中表达时，仍可用原核生物基因的启动子。