单细胞测序的兴起，不仅是新概念炒作，而是在相关领域，长时间由于技术的瓶颈很多生物学问题没有解决，现在突然有一个技术可以高性价比地解决这些问题，导致这个技术被大量应用。

以单细胞转录组测序技术为例开展探讨，单细胞转录组主要包括以下四个步骤，其中关键的一点就是如何进行单细胞的捕获/分选，这是决定单细胞检测成本和通量的关键步骤。

主要步骤：在细胞分选的方法里，主要包括特异性分选和非特意性分选两类方法，两类方法的关系有点类似定量（只针对特定目标基因进行检测）和转录组测序，用特定标志对特定目标细胞进行挑选，然后对目标细胞开展测序，所以特异性选择的方法通常通量很低。

非特异性选择的方法则通常都是高通量的方法，一般是用特定的技术随机从样本中捕获的大量细胞单体，然后直接平行对大量细胞进行独立的测序，再从大量单细胞数据中寻找自己感兴趣的细胞类型进行后续分析。反转录扩增过程中，每个细胞的cDNA会被接上特异的接头序列，保证后续混合测序后还能重新独立拆分每个细胞的数据，芯片由于可以平行进行96个细胞的建库测序，降低了成本。

单细胞测序进行目标组织细胞图谱全景扫描这样的研究，一般要求检测至少数千个甚至几十万个细胞，而芯片通量只有96个细胞，则意味着要进行多次芯片捕获，这会提高芯片耗材的投入成本，因此，我们还需要更高通量的技术。单细胞转录组测序是在单个细胞水平对mRNA进行高通量测序的一项新技术，针对单个细胞研究其整体水平的基因表达情况，成功解决细胞分子机制研究中常见的细胞异质性、细胞量少而无法进行常规高通量测序等难题。