可用于胶原蛋白的纯化方法包括盐析法、透析法、离心法、电泳法和色谱法，其中盐析法、离心法和电泳法最为常用。由于单一方法难以wan全分离纯化胶原蛋白，实际操作都是通过复合法来达到分离纯化胶原蛋白的目的。

盐析法一般采用高浓度NaCl；

离心法常选用制备型低温超速离心机；

电泳法多采用十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳法（SDS-PAGE），该法既可用于胶原蛋白的分离纯化，还可用来测定胶原蛋白分子的相对分子质量。

像有人用破碎、酶解、盐析三步法提纯苏尼特羊骨骼I型胶原蛋白。先去除骨头里的非胶原物质，然后往沉淀中10%的wei蛋白酶，在4℃的条件下消化24h，以14000r/min离心40min。弃沉淀往上清液中加NaCL，使它终浓度达到0.9moL/L，静置过夜，再离心，最后的沉淀就是I型胶原蛋白。